L'autorisation unique des ICPE, expérimentée dans sept régions, n'inclura pas l'agrément sanitaire. Ce visa ne peut, selon le droit européen, être accordé qu'après la construction de l'installation. Même s'il ne concerne que les unités de méthanisation, son exclusion de l'autorisation unique constitue un premier accroc à l'objectif de simplification administrative de l'État.